Une fois le diagnostic établi, le chirurgien choisit la méthode la plus appropriée en fonction de la pathologie et de l’état général du patient. Selon le cas, il peut recommander une chirurgie ouverte, une chirurgie laparoscopique ou une intervention endoscopique. Le choix de l'anesthésie (locale, régionale ou générale) est également décidé à cette étape. Le patient est informé sur la procédure, les risques et les bénéfices attendus.

L’intervention chirurgicale se déroule sous des conditions strictes de stérilité. Selon la pathologie, cela peut inclure la résection d'une tumeur, l'élimination de calculs rénaux, ou la correction de malformations urinaires. Le chirurgien prend soin de préserver autant que possible la fonction des organes concernés. Après l’intervention, des soins post-opératoires sont nécessaires pour assurer une récupération optimale.

Après la chirurgie, un suivi médical régulier est nécessaire pour surveiller la guérison, éviter les complications et détecter d’éventuelles récidives. Dans le cas de certaines interventions, comme la prostatectomie, une rééducation fonctionnelle peut être requise pour améliorer la continence urinaire ou la fonction sexuelle. Le patient doit également passer des examens de contrôle pour assurer le succès de l’opération.